Eigen RadarBilim
Arşiv
Analiz

MAC-Explorer, 2.737 bakteri genomunu ortak sınıflandırmada topladı

İnsanlarda ve hayvanlarda enfeksiyonlarla ilişkili bir bakteri grubu, MAC-Explorer ile ortak genom sınıflandırmasına kavuştu. Hakemli çalışmada 2.737 genom karşılaştırıldı ve tür düzeyinde 15 küme belirlendi. Araştırmacılar geliştirdikleri tanımlama aracını bağımsız klinik bakteri genomlarıyla da sınadı. Amaç, laboratuvarların aynı bakterileri farklı adlarla bildirmesini azaltmak. Tanımlama başarısı, tedavi sonuçlarının iyileştiğini göstermiyor; nadir soyların daha geniş örneklerle değerlendirilmesi gerekiyor.

Bilim··Gece
Laboratuvar kapısından görülen kapalı genom dizileme cihazı.

Bakteri genomları ortak adlarla sınıflandırıldı

İnsanlarda ve hayvanlarda enfeksiyonlarla ilişkili Mycobacterium avium kompleksi, kısaca MAC, birbirine genetik açıdan yakın bakterilerden oluşuyor. Bu grubun üyelerini tanımlayan internet aracı MAC-Explorer, genomlara ortak bir sınıflandırma uyguluyor. Hakemli araştırmada tekrar eden diziler çıkarılıp kalite ölçütleri uygulandıktan sonra 2.737 bakteri genomu karşılaştırıldı. Yakın bakteriler için farklı adların kullanılması, laboratuvarlar ve çalışmalar arasında karşılaştırmayı güçleştiriyordu. Yeni çerçeve, genetik benzerlikten yararlanarak genomları ortak gruplara ayırıyor.[1], [2]

Araştırmacılar, genom dizilerinin benzerliğini anlatan ortalama nükleotit özdeşliğini iki yöntemle hesapladı. Türler için yaklaşık yüzde 95, alt türler için yüzde 98 benzerlik eşiği kullanıldı. Ortak sınıflandırma, tür düzeyinde 15 küme belirledi. Bazı mevcut adlar aynı genom grubuna düşerken başka gruplarda daha ayrıntılı soy ayrımları korundu. Genom gruplarına verilen geçici adlar, resmen tanımlanmış yeni türler anlamına gelmiyor. Sayısal eşikler tutarlı gruplama sağlıyor; biyolojik farklılıkların mutlak sınırlarını temsil etmiyor.[1]

Tanımlama aracı genom gruplarını yeniden üretiyor

Tanımlama bölümünde, birden fazla karar ağacını birleştiren rastgele orman sınıflandırıcıları kullanıldı. Kısa DNA dizilerinin sıklığından öğrenen bu modeller, genom karşılaştırmasıyla belirlenen adları yeniden üretiyor. Böylece her kullanıcının karşılaştırmalı analizi baştan kurması yerine ortak çerçeve bir araç içinde uygulanıyor. Başarım ölçümü, referans adlarla uyuşmayı gösteriyor. Eğitim etiketleri aynı genom çerçevesinden geldiği için sınıflandırıcının doğruluğu, taksonominin bağımsız doğrulaması sayılmıyor. Bu döngüsellik, aracın neyi başardığını yorumlarken önem taşıyor.[1]

Bağımsız örnekler aracın başka verilerdeki başarısını sınadı

Dış değerlendirmede, eğitimde kullanılmamış 74 klinik bakteri genomu sınandı. Tür ve alt tür atamalarının tamamı, genom temelli referans yöntemle örtüştü. Daha ayrıntılı soy atamalarında 71 genomun sonucu eşleşti. Bağımsız bakteri örnekleriyle yapılan bu sınama, tanımlama işleminin başarısını ölçtü. Hastaların klinik sonuçları veya tedavi kararlarının başarısı değerlendirmeye girmedi. Bu nedenle eşleşme oranları, hastalara sağlanan yararın ölçümü olarak okunamaz.[1]

Kamu arşivlerindeki genomlar çevresel, veterinerlik ve insan dışı kaynakları yeterince temsil etmiyor. Bazı nadir gruplarda örnek sayısı çok az. Aracın farklı ülkelerde, laboratuvarlarda ve dizileme iş akışlarında daha geniş biçimde değerlendirilmesi gerekiyor. Rutin klinik kullanım, tüm genom dizilemesine erişim ve uygun düzenleyici doğrulama da gerektiriyor. Bu koşullar, ortak sınıflandırmanın laboratuvar bildirimlerinde ne kadar yaygın kullanılabileceğini sınırlıyor.[1]

Kaynakça

  1. Haber kaynağıGenome Medicine2.737 bakteri genomu MAC grubunun sınıflandırmasını birleştirdi↩1↩2↩3↩4↩5
  2. Haber kaynağıScienmag2.737 bakteri genomu MAC grubunun sınıflandırmasını birleştirdi↩
Uzay ve keşifEnerji dönüşümü ve iklim

Aynı masadan diğer analizler

Bilim masasındaki tüm Gündem analizlerini görüntüle →