RNA probları, dışkıdaki az miktardaki parazit DNA’sını yakaladı
Hedef DNA’yı zenginleştiren bir yöntem, insan ve hayvan dışkısından Cryptosporidium DNA’sını doğrudan yakaladı. Böylece başka DNA’ların arasında az miktarda bulunan parazit malzemesinin dizilenmesi kolaylaştı. Hakemli çalışmada 74.973 RNA probu kullanıldı; kontrollü karışımlarda 25 ookiste karşılık gelen miktardan genom verisi elde edildi. Yöntem parazit topluluklarını karşılaştırmaya yarıyor. Başarı örneğe göre değişiyor; kullanıma hazır bir klinik test henüz gösterilmedi.
Dışkı örneğinde insan, yiyecek ve başka mikroorganizmaların DNA’sı baskın olduğunda parazitin genomunu okumak zorlaşıyor. Hakemli çalışma, bu güçlüğü aşmak için Cryptosporidium parvum genomuna göre hazırlanmış 74.973 ayrı RNA probundan yararlandı. Dizileme öncesindeki zenginleştirme aşamasında bu problar, hedeflenen DNA parçalarını tutuyor. Cryptosporidium, ishale yol açabilen bir parazit. Genetik malzemenin doğrudan örnekten elde edilmesi, paraziti önce hayvanda ya da kültürde çoğaltmadan topluluklar arasındaki farkların araştırılmasını sağlıyor.[1]
Az parazitli karışımlardan genom verisi elde edildi
Kontrollü karışımlarda, parazitin dayanıklı evresi olan 25 ookiste karşılık gelen DNA miktarından genom verisi elde edildi. Bu sonuç laboratuvar karışımlarına ait; her örnekte aynı başarıyı garanti etmiyor. Araştırmacılar, dondurulmuş veya etanolle saklanmış insan ve hayvan örneklerini de inceledi. Parazit miktarı, yakalama başarısıyla genel olarak ilişkiliydi; ancak sonucu tek başına öngöremedi. C. parvum için hazırlanan problar, akrabalık bakımından daha uzak türlerden de DNA yakaladı.[1]
İlk prob tasarımı, C. parvum genomunun yaklaşık yüzde 92’sini hedefledi. Gen bakımından seyrek bazı kromozom uçları kapsam dışında kaldı. Daha uzak akraba C. ubiquitum türünün incelenmesi, hizalama hatalarını azaltmak için iki referanslı bir düzeltme gerektirdi. Böylece insan ve koyun kaynaklı örneklerin genetik karşılaştırması yapılabildi. Konak ilişkilerini ve bulaşı araştırmak için daha geniş örnekleme gerekiyor. Yöntem, genom araştırmalarına veri sağlıyor; klinik olarak doğrulanmış bir tanı testi çalışmada gösterilmedi.[1]
İlgili köşe yazıları
Bu gündem hakkında daha fazla bilgi için ilgili köşe yazılarını okuyabilirsiniz.
