DeepMind, yapay zekâyla tasarlanan proteinlere saptanabilir işaret ekledi
Google DeepMind, SynthID Bio ile yapay zekâ tarafından tasarlanan protein dizilerine ve yapı tahminlerine saptanabilir işaret yerleştiren iki yöntem tanıttı. Laboratuvar denemelerinde işaretli protein bağlayıcıların incelenen işlevleri korundu. Yöntem, bir tasarımın kaynağını anlamaya yardımcı olabilir; ancak kasıtlı değişikliklere dayanıklılık henüz tamamlanmış değil. Bu nedenle sonuç, biyolojik tasarımlar için hazır bir güvenlik onayından çok bir kaynak belirleme denemesini gösteriyor.
Yapay Zekâ··Gece
İşaret iki farklı tasarıma yerleştiriliyor
Google DeepMind, 30 Eylül’de SynthID Bio adını verdiği yöntemi tanıttı. Bu yöntem, yapay zekâyla oluşturulan protein dizileri ile tahmin edilen üç boyutlu yapılara saptanabilir işaret koyuyor. NeoTeo da aynı duyuruyu, protein dizisi ve yapı tahmini için ayrı yöntemler bulunduğunu belirterek aktardı. Dizideki işaret, ProteinMPNN protein tasarım aracının amino asit seçimini hafifçe yönlendirerek ekleniyor; amaç üretilen proteinin kaynağı hakkında ek bir ipucu bırakmak. Yapı tahminindeki işaret ise AlphaFold 3 modelinin küçük bir bölümünün uyarlanmasıyla atomların hesaplanan konumlarına yerleştiriliyor. Böylece iki yöntem farklı biyolojik bilgileri işaretliyor. Bir dizideki işaret ile üç boyutlu tahminde bulunan işaretin aynı nesneye veya aynı kullanım aşamasına ilişkin olduğu varsayılmamalı.[1], [2]
Laboratuvar denemesi işlevi karşılaştırdı
Ekip, AlphaProteo ile tasarlanan bağlayıcıları SynthID Bio eklenmiş ProteinMPNN üzerinden hazırlayıp üç hedefe karşı sınadı: VEGF-A, SARS-CoV-2 diken proteininin reseptör bağlanma bölgesi ve PD-L1. İşaretli ve işaretsiz tasarımların isabet oranı, bağlanma gücü ve dizi çeşitliliği karşılaştırıldı. DeepMind, bu ölçülerde denk sonuçlar gördüğünü bildiriyor. Bu bulgu, denenen bağlayıcıların incelenen işlevlerinin korunabildiğini gösteriyor; bütün proteinlerin veya her tasarım yolunun aynı sonucu vereceğini göstermiyor. Yapı tahmini tarafında şirket doğruluğun korunduğunu ve küçük sayısal değişikliklerin işareti hemen ortadan kaldırmadığını söylüyor. Bu sonuç da kullanılan model ve deneme koşullarına ait. Yöntemin biyolojik ürünlerde yaygın kullanımına ilişkin bir saha sonucu açıklanmadı.[1]
Kaynak işareti güvenlik onayı anlamına gelmiyor
DeepMind, işaretin DNA sentez hizmetleri için bir tasarımın güvenilir modelden gelip gelmediğini anlamaya yardımcı olabileceğini söylüyor. Protein Data Bank, UniProt ve GenBank gibi veri tabanlarında yapay tasarımları belirtmek de önerilen kullanım alanları arasında. Ancak bir kaynağın tanınması, proteinin zararsız olduğunun veya kullanımına izin verildiğinin kanıtı değildir. Şirket kasıtlı bozma girişimlerine karşı dayanıklılığın hâlâ geliştirilmesi gerektiğini kabul ediyor. NeoTeo’nun aktardığı denemelerde belirli yeniden tasarım işlemleri işareti kaldırabildi; bu da uygulamayı olası bir ek iz olarak konumlandırıyor. DeepMind yöntem makalesini, kodunu, laboratuvar verilerini ve araştırma ağırlıklarını paylaşacağını duyurdu. Araştırmacılar bu malzemeyle yöntemin hangi değişikliklerden sonra okunabildiğini ayrıca inceleyebilecek.[1], [2]
