Binlerce RAD51D onarım değişimi artık ölçülmüş bir puanla ayrılıyor
Bir hücre çalışması, DNA’nın iki zinciri birden koptuğunda kullanılan RAD51D proteininde 6.888 kodlayan değişimi puanladı. Genin zararlı sürümleri kalıtsal meme ve yumurtalık kanseriyle bağlantılıdır ve klinik testteki aminoasit değiştiren değişimlerin çoğu hâlâ belirsizdir. Bu değişimlerden 4.593’ü olağan, 1.038’i işlev kayıplı, 536’sı ara sınıfta çıktı. Bilinen zararlı ve zararsız kontroller birbirinden ayrıldı. Puan bir işlev ölçümü ekler; aile öyküsü ve klinik dosya onun yanında durur.
Bilim··Öğle
İlaç baskısındaki hücreler her kodlayan değişimi puanladı
RAD51D, DNA’nın iki zincirinin birden koptuğu kırıkları onaran homolog rekombinasyonda kullanılan bir proteini kodlar. Hastalıkla ilişkilendirilen varyantlar, meme kanseri ve yumurtalık kanseri için kalıtsal riskle bağlantılıdır. Hakemli çalışma 6.888 kodlayan varyantı işlev kaybı açısından sınadı; aynı sayı ve aynı gen İtalyanca haberin de konusu. Klinik testte bulunan aminoasit değiştiren değişimlerin çoğu belirsiz anlamlı varyant olarak kalır: DNA dizisi farklıdır, eldeki kanıt ise değişimin zararsız mı yoksa hastalıkla mı ilişkili olduğunu henüz göstermez.[1], [2]
Araştırmacılar işlev puanını hücrelerin olaparib karşısındaki yanıtından hesapladı. Puanlar olağan işlev, ara işlev ve işlev kaybı sınıflarına ayrıldı; ara işlev ve işlev kaybı için ayrıca istatistiksel anlamlılık eşiği uygulandı. Ölçülen aminoasit değiştirici varyantların 4.593 tanesi olağan, 1.038 tanesi işlev kayıplı, 536 tanesi ara işlevli bulundu. İtalyanca anlatım, aminoasit değişimleri için aynı üçlü ayrımı veriyor.[1], [2]
Bilinen zararlı ve zararsız kontroller ayrı düştü
ClinVar veritabanından derlenen kontrol kümesi 211 varyant içeriyordu. Hastalıkla ilişkili veya muhtemelen hastalıkla ilişkili 37 kontrolün tamamı işlev kaybında, iyi huylu veya muhtemelen iyi huylu 174 kontrolün tamamı olağan işlev sınıfında yer aldı. Bu uyum, kullanılan kontrol kümesine ait. Araştırmacılar ayrıca 70 klinik varyantı homolog rekombinasyon ve protein etkileşimleri bakımından ayrı ayrı sınadı. Onarım deneyi ile geniş taramanın işlev puanları arasındaki korelasyon 0,75 oldu.[1]
Denenen hücrelerde çalışan bir RAD51D kopyası yoktu. Araştırmacılar binlerce farklı sürümü bu hücrelere yerleştirdi ve hücreleri PARP proteinlerini baskılayan olaparib ilacına tuttu. Homolog rekombinasyonu bozulmuş hücreler olaparibe özellikle açıktır; bu yüzden ilaç altındaki yanıt, RAD51D’yi etkili bırakan sürümleri işlevi bozanlardan ayırdı. DNA’ya bağlanan bölgedeki ya da ATPaz çekirdeğindeki değişimler homolog rekombinasyonu en ağır biçimde düşürdü. Tarama, BCDX2 kompleksi içindeki RAD51D-RAD51C temasını da yerlerine oturttu.[2]
Puan, dosyanın geri kalanının yanında duruyor
Yazarlar ClinVar kayıtlarında anlamı belirsiz ya da yorumları çelişen 789 RAD51D yanlış anlamlı varyantı buldu. RNA birleştirmesinde olası etkisi bulunanlar ve ara işlev sonucu verenler ayrılınca 672 varyant daha net okunabildi. Bunların yüzde 87’si olağan işlev gösterdi, 85’i işlev kaybı gösterdi. Deney, klinik sınıflandırma içinde hastalık yapıcı bir etkiye dair ya da bu etkiye karşı güçlü kanıt verecek biçimde ayarlandı.[2]
İşlev puanı, varyant sınıflandırmasının geri kalanının yanında durur. Bu sınıflandırma, varyantın ailelerde görülme sıklığını, klinik kaydı, moleküler öngörüleri ve başka bağımsız gözlemleri bir araya getirir. Harita, binlerce RAD51D değişimi için bir işlev ölçümü verir. Bu ölçümü klinik bir karara çevirmek için o diğer kanıtların da durması gerekir. Tarama kodlayıcı diziye dayandığı için RNA kesilip birleştirilmesindeki bazı değişimler dışında kalır; puanlar kişisel risk ölçümü değil, sınıflandırmaya katılan kanıt olarak okundu.[1], [2]
