Prostat kanseri genomlarında, protein kodlayan genlerin dışında sürücü değişimler bulundu
961 birincil prostat tümörünün bütün genom analizi, protein kodlayan genlerde ve onları düzenleyen bölgelerde tekrarlayan değişimler belirledi. Bazı DNA düzenlenmeleri, düzenleyici bölgeleri kanseri destekleyen genlerin yakınına getirdi. Genomik gruplar da hastalığın farklı gidişleriyle ilişkili bulundu. Bulgular mekanizma ve tedavi hedefi adaylarını genişletiyor; ancak bu örüntülere göre tedavi seçmenin hastalara yarar sağladığını göstermiyor. Klinik kullanım için daha geniş ve bağımsız doğrulama gerekiyor.
Bilim··Gece
Düzenleyici DNA, sürücü değişim haritasını genişletiyor
Bir prostat tümörünün gelişmesine katkıda bulunan değişim, protein kodlayan genin içinde olmak zorunda değil. Nature Communications dergisindeki analiz, 961 birincil tümörün bütün genomunu çeşitli DNA değişimlerini birlikte ele alarak inceledi. Örneklerin yüzde 97’sinde en az bir tekrarlayan sürücü ya da sürücü adayı saptandı. Araştırmayı ortak yürüten OICR de aynı genom çapındaki incelemeyi duyurdu.[1], [2]
Ekip, iki hesaplama akışının birlikte desteklediği değişimlere öncelik verdi. Örneklerin en az yüzde birinde görülen 53 tekrarlayan değişim belirledi. Kopya sayısı değişimleri ile yapısal yeniden düzenlemeler, olağan gen panellerinin ötesine uzanan bir harita sağladı. Ancak aynı geni etkileyen farklı değişimler, farklı biyolojik sonuçlar taşıyabiliyordu. Dolayısıyla yalnızca genin adı, ortaya çıkan örüntünün tamamını anlatmaya yetmedi.[1]
Yeniden düzenlenmeler, genetik anahtarları kanser genlerine yaklaştırabiliyor
Aday mekanizmalardan biri, çözünmüş madde taşıyıcılarının genleriyle ilişkili düzenleyici bölgeleri içeriyordu. SLC30A4 ve SLC45A3 çevresindeki yeniden düzenlenmeler, bu bölgeleri kanserle ilişkili genlerin yakınına getirdi. Gen ifadesi ve kromatin ölçümleri, bazı genlerde artan etkinliği destekledi. Birlikte değerlendirilen kanıtlar olası mekanizmaları daralttı; ancak aday sürücülerin tek tek daha kapsamlı işlev deneyleriyle sınanması gereksinimi sürüyor.[1]
Değişimlerin birlikte oluşturduğu örüntüler, farklı klinik gidişlerle ilişkili dört genomik tümör grubu da ayırdı. Bu gruplama, bazı kanserlerin neden yayıldığını incelemeye yardımcı olabilir. Yine de sonuç, dizileme ile izlem verilerinden çıkarılan bir ilişkiyi gösteriyor. Bu gruplara göre tedaviyi değiştirmenin sağkalımı iyileştirdiği ya da gereksiz tedaviyi önlediği böylece kanıtlanmış olmuyor.[1], [2]
İlaç eşleşmeleri doğrulanacak adaylar olarak kalıyor
İlaç veri tabanlarıyla karşılaştırma, başka kanser türlerindeki kanıtları da kullanarak olası tedavi hedefleri belirledi. Bu eşleşmeler prostat kanserinde etkinlik ya da onay sağlamıyor. Eksik klinik bilgiler, tek tümör içindeki çeşitlilik ve Avrupa kökenli hastaların örneklemdeki ağırlığı sonuçların yorumunu sınırlıyor. Önerilen sürücüler veya genomik gruplar olağan klinik kararlara güvenilir biçimde yön vermeden önce, daha geniş topluluklarda bağımsız olarak sınanmalı.[1]
