Aynı doku haritası, gen sayımlarının kaçırdığı RNA çeşitlerini gösterdi
Laboratuvarda hazırlanan bir dizi, gen etkinliğiyle farklı RNA biçimlerini aynı doku koordinatlarında haritalamak için kısa ve uzun dizileme okumalarını birleştirdi. Hakemli yöntem çalışması, yaklaşımı fare embriyolarında ve domates-biber aşılarında denedi. Toplam gen etkinliğinin az değiştiği bölgelerde bile kullanılan RNA biçimleri farklılaşabildi. Bulgular dondurulmuş dokulara dayanıyor; bu RNA çeşitlerinin biyolojik işlevleri ayrıca sınanmayı bekliyor.
Bilim··Gece
RNA yapısı gen etkinliği haritasına eklendi
Yeni bir doku haritalama yöntemi, gen etkinliğinin miktarını her konumda üretilen farklı RNA biçimleriyle eşleştiriyor. Kısa dizileme okumaları ayrıntılı sayım sağlarken, uzun okumalar RNA’yı oluşturan bölümlerin nasıl bağlandığını gösteriyor. Araştırmacılar iki ölçümü aynı yakalama çipinden gelen malzemeyle birleştirerek ortak konum bilgisini korudu. Bu tek hakemli yöntem çalışması, Nature Communications dergisinde yayımlandı. Ekip, yaklaşımı dondurulmuş biyolojik dokularda sınadı; dokudaki gen etkinliğini yerinden koparmadan RNA yapısıyla birlikte inceledi.[1]
Üç parçalı barkodlar yoğun yakalama noktalarını ayırıyor
Laboratuvarda hazırlanan dizide, üç parçalı konum barkodu taşıyan küçük boncuklar kullanılıyor. Barkod tasarımı, daha kısa kimlikleri belirsizleştirebilen dizileme hatalarına rağmen uzun okumaların doğru yere atanmasını kolaylaştırıyor. Boyutları 6,8 milimetreye 6,8 milimetre olan alana yaklaşık 4,1 milyon fiziksel yakalama noktası sığıyor. Gen sayımıyla RNA yapısının incelenmesi böylece aynı doku konumlarına bağlanıyor. Ancak çipteki noktaların fiziksel aralığı, her örnekte aynı biyolojik çözünürlüğün elde edileceği anlamına gelmiyor.[1]
Embriyolarda ve aşılarda bölgesel RNA farkları görüldü
Fare embriyolarında ve uyumsuz domates-biber aşılarında, daha önce tanımlanmamış RNA biçimleri ve normalde çıkarılan intron bölümlerinin korunduğu örnekler bulundu. Seçilmiş yapılar ek deneylerle desteklendi. Aşı dokusunda bazı genlerin toplam etkinliği benzer kalırken, ürettikleri RNA biçimlerinin oranı bölgelere göre değişti. Gözlemler, bu çeşitlerin işlevini veya aşı uyumsuzluğunun nedenini belirlemiyor. Örnekler ve dizileme derinlikleri farklı olduğu için diğer yöntemlerle karşılaştırmalar da kesin bir genel başarı sıralaması sunmuyor.[1]
