Eigen RadarBilim
Analiz

Ölçüm yanlılığı düzeltilince bakterinin taşıyıcı RNA haritası netleşti

Bir laboratuvar çalışması, bakterilerin protein üretiminde aminoasit taşıyan moleküllerini elektrik sinyallerinden ölçtü. Cihazın bazı taşıyıcı RNA türlerini daha sık sayma eğilimi düzeltilerek farklı türlerin bollukları karşılaştırıldı. Tek bir hakemli araştırmadan gelen yöntem, bakteriyel sistemde sınandı. Mutlak derişim hesapları ayrıca daha önce yayımlanmış bir ölçüme dayanıyor; sonuçlar insan hücrelerinde klinik kullanım doğrulaması içermiyor.

Bilim··Sabah
Üstten görülen laboratuvar tezgâhında nanogözenekli dizileme cihazı, bakteriyel RNA örnekleri ve kalibrasyon referansı için tüpler ile pipet bulunuyor.

Bakterideki molekül bollukları büyük fark gösteriyor

Ölçülen bakteri örneğinde en bol taşıyıcı RNA türü, en seyrek olanın yaklaşık yüz katıydı. Tek bir hakemli laboratuvar çalışması, dizileme cihazının molekülleri sayarken oluşturduğu yanlılığı düzelttikten sonra bu farkı hesapladı. Protein üretiminde aminoasit taşıyan bu moleküllerin her türünden ne kadar bulunduğu, hücrenin protein üretim araçlarını sayısal olarak tanımlamaya katkı sağlıyor.[1]

Elektrik sinyalleri molekül türlerini ayırıyor

Çalışmada Escherichia coli adlı bakteri incelendi. Sınıflandırıcı, moleküller çok küçük gözeneklerden geçerken oluşan elektrik sinyallerinden 48 taşıyıcı RNA türünü ayırdı. Bu kısa moleküllerin üzerindeki kimyasal değişiklikler, geleneksel dizi okumasını zorlaştırıyor. Eşit miktarda saflaştırılmış doğal molekül içeren karşılaştırma örneği, cihazın eşit olmayan okuma sayıları ürettiğini ortaya çıkardı. Böylece her okumayı eşit molekül sayısı saymak yerine türlere özgü düzeltmeler yapıldı.[1]

Düzeltilen tahminler ölçüm dayanağına bağlı

Düzeltme sonrasında iki uçtaki türler toplamın yüzde 7,08’ini ve yüzde 0,07’sini oluşturdu. Mutlak hücre içi derişim hesapları, daha önce yayımlanmış toplam derişim değerine de dayandı. Başka ölçüm yöntemleriyle karşılaştırmalarda tam uyum sağlanmadı. Bu nedenle düzeltmeler, sınanan bakteriyel sistemdeki yanlılığı sayısallaştırıyor. Başka canlılara ve ölçüm koşullarına taşınması ayrıca değerlendirme gerektiriyor; insan hücrelerinde klinik kullanım bu deneylerle doğrulanmış değil.[1]

Kaynakça

  1. Haber kaynağıNature CommunicationsBakterinin taşıyıcı RNA haritasında ölçüm yanlılığı düzeltildi↩1↩2↩3