Tek bir hakemli yapı çalışması, baklagillerle ortak yaşayan Rhizobia bakterilerinin bitkiye aktardığı proteinlerde 22 ayrı birim belirledi. Kestirilen yapıların bazıları DNA ya da RNA’ya bağlanan bölgelere benziyor; bir birim ise bitkinin kendi gen düzenleyicilerindeki bir yapıyla örtüşüyor. Bulgular, kök bakterilerinin bitki gelişimini nasıl etkileyebileceğine ilişkin aday yollar sunuyor. Yapı benzerliği, her proteinin canlı bitkideki işlevini ya da tarla veriminde artışı ortaya koymuyor.
Baklagil kökleriyle ortak yaşayan toprak bakterileri Rhizobia’nın bitkiye aktardığı proteinlerde, gen düzenleme işlevi taşıyabilecek yapısal birimler bulundu. Tek bir hakemli yapı çalışmasında araştırmacılar 22 birim sınıfladı. Kestirilen bazı bölgeler DNA veya RNA’ya bağlanan alanlara benziyor; bazılarında RNA’ya bağlı RNA polimerazla ilişkili özellikler var.[1]
Nop adı verilen bu proteinler, tip üç salgılama sistemi denen moleküler düzenekle aktarılıyor. Bazıları azot bağlayan kök yumrularının oluşumuna katkı sağlıyor. Aminoasit dizileri büyük ölçüde farklı olduğu için yalnız dizileri karşılaştırmak, olası ortak görevleri araştırmada yetersiz kalıyor.[1]
Ekip, protein biçimini kestiren AlphaFold2 sistemiyle elde edilen üç boyutlu yapıları karşılaştırdı. BPN adlı birim, bitkilerin kendi gen düzenleyicilerindeki B3 alanına benziyordu. Bu benzerlik, bakteri proteinlerinin gen etkinliği yoluyla bitki gelişimini etkileyebileceği olası bir yol öneriyor.[1]
Bazı yapısal parçalar, Pantoea grubundaki bitki patojenlerinin deneyle incelenen alanlarıyla karşılaştırıldı. Karşılaştırma aday işlevleri destekliyor; her Rhizobia proteininin canlı bitkideki görevini ortaya koymuyor. Çalışma moleküler etkileşimleri araştırdı. Tarla verimi ve gübre tüketimi ölçümlerin dışında kaldı.[1]
