Eigen RadarBilim
Arşiv
Analiz

Yeni görüntüleme aracı, canlı bitkide RNA’yı daha az arka planla izliyor

Hakemli bitki deneyi, RNA’ya bağlı işaretleri korurken serbest işaretleri temizleyen floresan bir görüntüleme sistemi geliştirdi. Ekip, çiçeklenmeyle ilişkili RNA’yı hücreler arasındaki kanallarda ve aşılanan dokularda izledi. İki model bitkide arka plan azaldı ve görüntü karşıtlığı güçlendi. Büyük görüntüleme yapısı ile sınırlı işaretleyici düzeni ise yöntemin bugünkü kullanımını kısıtlıyor.

Bilim··Sabah
Laboratuvarda, mikroskop objektifinin altında cam lam üzerindeki yeşil yaprak; arkada saksı bitkisi ve yaprak örnekleri.

Serbest işaretler temizlenirken bağlı sinyaller korunuyor

Hakemli deney, genetik mesajları taşıyan RNA moleküllerini canlı bitki hücrelerinde izlemek için CRISPR tabanlı floresan bir araç geliştirdi.[1], [2]

Sistem, hedefe bağlı işaretleri korurken bağlanmamış işaretlerin oluşturduğu arka planı azaltıyor. Bitki hücresinin büyük merkezi kofulu, sitoplazmayı dar bir dış tabakaya sıkıştırıyor; serbest işaretler burada birikip görüntüyü örtebiliyor.[1]

Araştırmacılar, RNA’yı tanıyan dCas13X proteinini floresan sinyalini büyüten SunTag yapısıyla birleştirdi. cPIL adlı yıkım sinyali, hücrenin protein temizleme sisteminin serbest işaretleri uzaklaştırmasına yardımcı oluyor. Deneylerde laboratuvar modeli olarak kullanılan Nicotiana benthamiana ve Arabidopsis thaliana adlı iki bitki türü yer aldı.[1]

Çiçeklenmeyle ilişkili RNA hücre kanallarından geçiyor

Sistem, çiçeklenme sinyali FT’nin RNA’sını bitki hücrelerini bağlayan plazmodezma kanallarının yakınında görüntüledi. RNA önce kanal çevresinde bekledi, ardından hücre sınırını geçti. Aşılama deneylerinde alıcı dokularda FT işaretleri görüldü; tam uzunluklu RNA ayrıca doğrulandı. GRP7 proteini olmayan bitkilerde taşınma azaldı. FT’ye özgü doğrudan etkileşim gösterilmiş değil; daha geniş bir RNA-protein yapısına katkı olasılığı da bulunuyor.[1]

Sınanan düzenekte görüntü karşıtlığı güçleniyor

Karşılaştırılan düzeneklerde arka plan 6,71 kat azalırken sinyalin gürültüye oranı 6,67 kat yükseldi. Sınanan hedeflerin RNA miktarında, protein ürününde veya RNA yıkımında ölçülebilir değişim saptanmadı. Görüntüleme yapısı görece büyük; yıkım modülü ise yalnızca yeşil floresanla tek renkli koşulda doğrulandı. Bu bulgular yalnızca sınanan bitki türleri ve RNA hedefleri için geçerli.[1]

Kaynakça

  1. Haber kaynağıPLOS BiologyBağlanmayla etkinleşen CRISPR/dCas13X görüntüleme sistemi, bitkilerde RNA’nın hassas biçimde izlenmesini sağlıyor↩1↩2↩3↩4↩5
  2. Haber kaynağıCiencias.uyCRISPR görüntülemesi, canlı bitkide RNA’yı daha az arka planla izliyor↩
Uzay ve keşifEnerji dönüşümü ve iklim

Aynı masadan diğer analizler

Bilim masasındaki tüm Gündem analizlerini görüntüle →