Hakemli araştırma, binlerce hayvan gübresi veri kümesinden bir milyonu aşkın virüs grubu oluşturdu. Virüs dizilerinde bilinen antibiyotik direnç geni türleri seyrek görülürken, hesaplamalı tahminler virüslerle dirençli bakteriler arasında bağlar kurdu. Katalog, az haritalanmış bir mikrobiyal ortamı ayrıntılandırıyor. Dizilerdeki yakınlık ve tahmini konak eşleşmeleri, virüslerin bakterilere direnç geni aktardığını kendi başına göstermiyor.
Hakemli genom araştırması, tavuk, domuz ve sığır gübresine ait 4.017 açık metagenomdan 1.330.372 virüs grubu oluşturdu. Bu gruplar ayrı virüs soylarını yaklaşık olarak temsil ediyor. Yüzde 99’dan fazlası karşılaştırılan veri tabanlarında yoktu. Çalışma, antibiyotik direncinin kaygı yarattığı bu mikrobiyal ortam için başvuru dizilerini genişletiyor.[1]
Virüs dizilerinde saptanan bilinen antibiyotik direnç geni alt türlerinin sayısı 78 oldu. Örneklenen direnç genleri havuzunun tamamında ise 857 alt tür vardı. Buradaki yüzde 9,1, virüslerin ne kadarının direnç taşıdığını değil, saptanan gen türlerinin payını anlatıyor. Genel havuz, klinik kaygı yaratan mcr, blaNDM ve blaCTX-M gibi genleri de içeriyordu. İncelenen virüs dizilerinde ise bu genlere rastlanmadı.[1]
Üç gübre türünün tamamında yalnızca 831 virüs grubu görüldü. İki bağımsız gübre çalışmasıyla yapılan sınamada da bu ortama özgü katalog, virüs okumalarını yakalama açısından çeşitli genel veri tabanlarını geride bıraktı. Bu karşılaştırma, dizileri tanımadaki yararı ölçüyor; bir virüsün konağını enfekte ettiğini gözlemlemiyor.[1]
Dizi karşılaştırmaları ve başka hesaplamalı işaretler, virüsleri dirençli bakterilerle ilişkilendirdi. Hareketli genetik öğeler, direnç geni içeren virüs parçalarının yaklaşık üçte ikisinde görüldü. Bu yakınlık olası taşınmaya işaret ediyor. Belirsizlikler hem genomların birleştirilmesini hem genlerin tanınmasını hem de konakların tahminini etkiliyor. Gerçekleşmiş aktarım için laboratuvar doğrulaması gerekiyor. Tarama, virüs genomundan ayrı paketlenen bakteri DNA’sını doğrudan ölçmedi.[1]
