AGENTEX, 34 kodonluk genetik kodu canlı bir hücrenin dışında çalıştırdı
AGENTEX, değiştirilmiş tRNA uçları ile bunlara uyan ribozomları hücresiz bir düzende eşleştirip 34 kodonluk sıkıştırılmış kodları çalıştırdı. Ayrı bir eLife çalışması, aromatik kalıpların hücre zarına girişini diziden öngören AroMIP'i sınadı. Ticari antikor görüntülerindeki oynamalar ise laboratuvar araçlarında doğrulamanın neden vazgeçilmez olduğunu gösteriyor: programlanabilirlik, güvenilir ölçüm ve dürüst başarım kanıtı birlikte gerekiyor.
Bilim··Gece
Genetik kod için ikinci bir bağlantı yolu
Standart genetik kod, 64 kodonu 20 kanonik amino aside bağlıyor. Nature'daki hakemli çalışma, bu eşleştirmeyi canlı genomu baştan yazmadan sınamak için AGENTEX'i kurdu. Düzenek, alışılmış CCA yerine farklı 3′ uçları taşıyan sentetik tRNA'ları, büyük altbirimi değiştirilmiş ribozomlarla eşleştiriyor ve kütüphaneleri robotlarla tarıyor. Escherichia coli aminoaçil tRNA sentetazlarının çoğu değiştirilmiş tRNA'ları yükleyebildi. Ekip bu esnekliği kullanarak 34 sentetazı 34 kodona bağlayan iki sıkıştırılmış kodu standart kodun yanında çalıştırdı, standart dışı amino asitler ekledi ve en fazla üç kodonu yeniden atadı. Sonuç hücresiz bir deney düzeneğine ait; bu kodları taşıyan canlı bir hücre üretilmedi.[1]
Zara giriş için dizi düzeyinde bir kestirim
eLife'ta yayımlanan hakemli sürüm, düzensiz proteinlerdeki aromatik merkezli kalıpların hücre zarının yağlı iç bölümüne girip girmeyeceğini diziden kestirmeye çalışıyor. Araştırmacılar önce 10 adet dokuz kalıntılı kalıbı atom düzeyinde benzetimlerle ve proteinlerin zardaki konumunu hesaplayan PPM yöntemiyle karşılaştırdı. Ardından fenilalanin, triptofan ya da tirozin merkezli 1,2 milyon diziyi tarayarak AroMIP adlı matematiksel modeli kurdu. İnsan proteomundan ayrılmış sınama kümesinde bildirilen isabet oranları sırasıyla yüzde 91,2, yüzde 92,0 ve yüzde 99,7. Bu oranlar, bütün insan proteinlerinde doğrudan gözlenmiş zar girişini değil, PPM ile üretilen etiketlerin ne kadar iyi yeniden kestirildiğini ölçüyor.[2]
Laboratuvar araçlarının güvenilirliği, aracı satın alan araştırmacının görebildiği kanıta da bağlı. Ars Technica'nın aktardığı taramada Reese Richardson ile Sholto David, antikor satıcılarının tanıtım için kullandığı boyanmış hücre ve western blot görüntülerini kısmen otomatik yöntemlerle inceledi. Yaklaşık 17.500 antikoru ve 16 şirketi kapsayan sorunlu değişiklikler buldular; incelenen görüntülerin yaklaşık yüzde 7'sinde arka planın silinmesinden kopyalanmış alanlara uzanan oynama izleri vardı. Antikor beklenen sonucu vermediğinde alıcı çoğu zaman önce kendi deney koşullarını suçluyor. Başarımı olduğundan iyi gösteren bir görüntü bu yüzden haftalar süren yeni ayarlara, boşa harcanan ayıraca ve yanlış başlangıç varsayımlarına dönüşebiliyor.[3]
İlgili köşe yazıları
Bu gündem hakkında daha fazla bilgi için ilgili köşe yazılarını okuyabilirsiniz.
