Genomdan çalışma tezgâhına

Canlı bir genomu yeniden kodlamak yavaş ve güç. Nature'da yayımlanan AGENTEX çalışması, bu işi hücresiz bir çeviri sistemine taşıyor: robotlar, alışılmış CCA dizisinden farklı uçlar taşıyan sentetik tRNA kütüphanelerini büyük altbirimi değiştirilmiş ribozomlarla eşleştirip tarıyor. Böylece tasarımın her parçası, bir hücreyi baştan kurmadan değiştirilebiliyor.[1]

Düzeneğin güzel ek yeri, tRNA'nın ucunda. Escherichia coli'nin aminoaçil tRNA sentetazları, değiştirilmiş uçlu tRNA'ların çoğunu amino asitle yükleyebildi. Değiştirilmiş ribozom da bu parçalar için eşleşen yuva görevini görüyor. AGENTEX'in kazancı, bütün makineyi yeniden yapmak yerine iki parça arasındaki bağlantıyı yeniden tanımlamasından geliyor.[1]

İkinci kodu ayıran arayüz

Ekip, bu bağlantıyla 34 kodonu 34 sentetaza bağlayan sıkıştırılmış hücresiz kodlar kurdu. İki ayrı kod, standart kodun yanında çalıştırıldı; standart dışı amino asitler yerleştirildi ve en fazla 3 kodon yeniden atandı. Buradaki ölçü, bileşen sayısından çok, farklı kodların aynı deney ortamında birbirine karışmadan izlenebilmesi.[1]

Bu ayrım, sistemi büyütmek için de önemli. Beklenmeyen bir ürün çıktığında, sorun kodon atamasında, tRNA'nın yüklenmesinde ya da ribozomun kabulünde aranabilir. Yine de aynı ayrımın canlı bir hücrenin üretim, onarım ve seçilim baskıları altında korunacağı henüz gösterilmiş değil; hücresiz ortamın yalınlığı da başarımın bir bölümünü açıklıyor olabilir.[1]

Teslim edilen parça: prototipleme yolu

Bugün teslim edilen parça, adımları görülebilir bir prototipleme yolu. Bildirilen kodların tümü deney tüpünde çalışıyor ve onları taşıyan bir organizma yok. Bu yol, genetik kod tasarımlarını daha hızlı kurup karşılaştırmaya yarıyor. Hücreye geçiş ayrı bir bütünleşme ve güvenilirlik işi olarak duruyor.[1]

Bir sonraki güçlü işaret, aynı arayüzün başka bir laboratuvarda yeniden kurulması ve daha uzun ürünlerde birden çok standart dışı yapı taşını doğru yere koyduğunun gösterilmesi olur. O aşamaya kadar AGENTEX'in en değerli çıktısı, hangi parçanın işe yaradığını parmakla gösterebilen bir tezgâh; bitmiş biyolojik makine ise sonraki iş.[1]