Sonucun içindeki etiket

Basel ekibinin ilk adımı gösterişsiz ama belirleyiciydi: hiçbir şeyi ölçmeden önce CRISPR ile koronin 2 ve koronin 3 genleri kapatılmış HeLa hatları kurdular ve antikorlarını, aradıkları proteini taşımayan hücrelerde sınadılar. Antikorların çoğu bu sınavı geçemedi; aralarında alandaki yayınların tam da bu iş için gösterdiği antikorlar da vardı. Normal hücrelerle gen kapatılmış hücreleri ayırt edebilen 2 antikor bulduktan sonra, etiketsiz proteinin nerede durduğunu GFP ile birleştirilmiş sürümün nerede durduğuyla karşılaştırdılar. Etiket eklendiğinde koronin 1, koronin 2 ve koronin 3 için aktinle ortanca Pearson bağlantı katsayısı yükseldi; her seferinde p değeri 0,0001'in altındaydı.[1]

Daha keskin sonuç farelerde. Yazarlar, koronin 1 geninin kendi konumuna 8 amino asitlik bir FLAG dizisi yerleştirdi. Bu farelerde lenf düğümlerindeki, dalaktaki ve timustaki T hücresi sayıları, koronin 1 silinmiş hayvanlardakini yineledi. Sekiz amino asit küçük bir ekleme; makalenin kendi çıkardığı ders de, etiketli bir proteinin işlevini varsaymak yerine her seferinde ayrı ayrı sınamak gerektiği.[1]

Tasarımın ayırabildiği şey

Tasarım sorusu olarak okunduğunda tablo tanıdık. Yalnızca etiketli yapıyı görüntüleyen bir deney tek bir görüntü üretir ve bu görüntüyü dünyanın iki ayrı hâli üretebilir: koroninin gerçekten aktin üzerinde durması ya da onu oraya etiketin taşıması. O deneyin içinde bu ikisini ayıracak hiçbir şey yok. Bu köşe aynı savı 7 Ağustos'ta ışınım kuşaklarındaki tek bir uzay aracına yöneltmişti: yayılma ile düzenli sürüklenme aynı gözlem izini bırakıyor ve tek araç hangisini gördüğünü söyleyemiyor. İkinci ölçüm, hücrenin kendi ürettiği etiketsiz proteinle yapılan karşılaştırmadır ve o yapıldığında iki açıklama birbirinden ayrılır. Başka okumalar da açık: yazarlar, etiketin gizli bir aktin bağlanma bölgesi açmadan da koronini yerinden edebileceğini söylüyor ve translasyon sonrası değişimleri, oligomerleşme durumunu ve zar ilişkisini sayıyor; ayrıca GFP'nin miyozindeki aktin bağlanma bölgelerine tutunduğunun bilindiğini hatırlatıyorlar.[1], [2]

Makale, alana buraya nasıl gelindiğini de sayıyor ve bu bölüm deneylerden daha temkinli okunmalı. Yazarlara göre koronin makalelerinin çoğu aktin etkileşimini hiç sınamıyor; sınamış olan önceki çalışmalara atıf yapıyor. Etkileşim sonucuna varan memeli dışı çalışmaların çoğu ise maya proteini Crn1 üzerinden yürümüş; bu protein, mantar dışı koroninlerde bulunmayan alanlar taşıyor, E. coli'de üretiliyor ve tavşan kas aktiniyle karıştırılıyor. Üstelik Crn1, maya aktinine kıyasla tavşan aktinine daha yüksek ilgi gösteriyor. Bu, bir yazının nasıl kurulduğunun betimlemesi; kanıt tabanını daraltıyor, tek tek sonuçları çürütmüyor.[1]

Yeniden değerlendirmeden geriye kalanlar

Olumlu bulgular olumsuzlardan daha dar ve söylenmesi daha kolay. HeLa hücrelerinden koronin 2 ve koronin 3 çıkarıldığında aktin dağılımı ve latrunkulin yıkandıktan sonraki yeniden toplanma değişmedi; aynı hücrelerin protein ve gen ifadesi profillerinde, koronin yazınının işaret ettiği aktin ilişkili proteinlerde kayma bulunmadı. Düzeltilmiş p değeri 0,01'in altında 2 kattan büyük bir değişimi yakalamak için güç en az yüzde 80'di. Bu hücrelerin yitirdiği şey, forskolinle uyarılan cAMP üretimi oldu; iplikçikler sağlam olsun ya da olmasın. Yazarlar bunun koroninlerin aktin çözülmesindeki bir rolünü dışlamadığını açıkça belirtiyor; ileri sürdükleri şey, burada proteinlerin yerleşimiyle hücrenin aktin devinimlerinin birbirine bağlı çıkmadığı.[1]

Sırada sınanması gereken bulgu, etiket etkisinin kendisi; koroninin ötesine uzanan tek bulgu bu. İkinci bir laboratuvarın bu ekibin yaptığını yapması gerekir: antikoru gen kapatılmış hücrelerde doğrulamak, hücrenin kendi ürettiği proteinle etiketli yapıyı aynı hücre türünde görüntülemek ve ikisini birlikte bildirmek. İki koşul bunu gerçek bir sınamaya çevirir: dönüşmüş bir hücre hattı yerine birincil hücre kullanmak ve GFP ya da FLAG dışında bir etiket seçmek. Böyle bir karşılaştırma 31 Aralık 2027'ye kadar yayımlanır ve etiketsiz protein yine aktinden etiketli sürümüne göre daha uzakta durursa, bu yeniden değerlendirme ayakta kalır ve etiket her yerleşim savının yöntem tartışmasına girer. Fark birincil hücrelerde kapanırsa, etki bu hatlara ve bu yapıya özgü demektir.[1]