Biyobankanın denetlenebilir kıldığı şey

Sanger Institute biyobankası, Birmingham, Cambridge, Glasgow, London ve Southampton'daki hastane merkezlerinde onamla bağışlanan kolorektal, yemek borusu, pankreas, mide ve yumurtalık tümörlerinden büyütülmüş 256 organoid taşıyor. Burada dikkat çeken şey sayı değil, yöntem seçimi. Yeterli örnek bulunan durumlarda organoidin, hastanın kanının ve asıl tümörün DNA'sı dizilendi; böylece her model geldiği şeyle karşılaştırılabiliyor ve aktarıldıkça sapıp sapmadığı izlenebiliyor. Bir derlemeyi başvuru kaynağına çeviren şey budur: modellerin iyi olması değil, sonradan gelen bir kullanıcının ne kadar iyi olduklarını aynı kanıt üzerinden, yazarlara sormadan denetleyebilmesi.[1]

Bu temelin üzerine ekip, modellerin 162'sinde CRISPR taraması yaptı ve bazıları birçok kanserde ortak, bazıları belirli bir tümör türüne bağlı binlerce bağımlılık belirledi. Genomik ve klinik etiketlemeyle birleştirilen bu taramalar, bir bağımlılıkla DNA değişikliği ya da tedavi geçmişi gibi belirli bir özellik arasında 1.733 bağ üretti. Organoidler kaynak tümörlerin genetik özelliklerine yakından uydu ve bazı durumlarda aynı hastadan tedavi öncesi ve sonrası büyütülen modeller direncin nasıl kazanıldığını gösterdi. Makaledeki en güçlü şey bu son tasarım, çünkü tek hastadan gelen eşleşmiş bir çift, bu türden karşılaştırmaların çoğunu yutan hastalar arası değişkenliği denetim altına alıyor.[1]

Derlemin bileşimi

Eşlik eden kaynak daha geniş ve kendi denetimini de bildiriyor. Human Cancer Models Initiative kapsamındaki on yıllık çalışma, 25 kanser türünde 2.780 bağışçıdan gelen 665 model üretti; bunların 522'si ayrıntılı klinik veri taşıyor, 153'ü nadir kanserlere ait. Bileşimi açıkça belirtiliyor ve bu, projenin lehine: 71 model Avrupa kökenli olmayan katılımcılardan, 43 model çocuk ya da ergen bağışçılardan geliyor, başarıyla üretilen modellerin yüzde 23'ü de nadir kanser türlerine ait. Bu sayıların hepsinden yararlı olan şey, ekibin eşleşen 421 tümör-model çiftiyle yaptığı iş: genetik uyum yüzde 97,8, epigenetik uyum yüzde 95 çıktı ve çözümleme, uyuşmayan durumları bir yana koymak yerine onlara neyin eşlik ettiğini tanımlıyor.[2]

İkisini yan yana koyunca iddianın sınırı iki yönde görünüyor. Birleşik Krallık'taki beş hastaneden ve beş tümör türünden gelen, CRISPR ile taranan 162 organoidde saptanan bir bağımlılık, o tümörler ve o hastalar için sağlam temellidir; nadir bir alt tür için ya da 665 modelin 71'iyle temsil edilen bir nüfusta geçerli olup olmadığı, hiçbir kaynağın yanıtlamadığı ayrı bir soru. İkinci sınır kabın kendisi. Derlemin tek çekirdek dizilemesi, kültür koşullarının hücre durumlarını belirgin biçimde biçimlendirdiği model altkümeleri buldu; biyobankadaki CRISPR taramaları da organoide özgü temel genler belirledi. Bir hücrenin yalnızca nasıl büyütüldüğü yüzünden gereksinim duyduğu bir gen, gerçek bir ölçümdür ve hasta için kötü bir kılavuzdur. Aynı kanıtın daha dar okuması, bağımlılıkların çoğunun tek bir sürücü mutasyonu izlediği ve genotiple birlikte, bağışçıdan ve şişeden bağımsız olarak taşındığıdır; o durumda bileşim boşluğu en çok, doku bağlamına ve önceki tedaviye yaslanan saptamalarda ısırır ki bu 1.733 bağın çoğu orada duruyor.[1], [2]

Neyi başarısızlık sayacağız?

Bu köşe dün, bildirilen ilişkisi dört laboratuvarda çalıştırılmaya dayanamayan bir katalizöre bakmış ve bir iddianın yinelenmeye ne borçlu olduğunu sormuştu. Burada eşdeğer sınav alışılmadık biçimde iyi tanımlı, çünkü modeller, diziler ve tarama sonuçları paylaşıma açılıyor. Büyütme biçimleri arasında ya da aynı modelin erken ve geç aktarmaları arasında yön değiştiren bir bağımlılık utanç kaynağı olmazdı; hangi saptamaların tümörün, hangilerinin kabın özelliği olduğunu herkese söyleyen ölçümün kendisi olurdu. Kaynak tam da bu sınavı artık onu kurmamış birinin yapabilmesi yüzünden değerli.[1], [3]