Laboratuvardaki güçlü ayrım

RAD51D genindeki bir değişim, kalıtsal kanser riskiyle ilgili bir sonucun nasıl yorumlanacağını etkileyebilir. Ancak laboratuvarda saptanan her değişim, hastalık anlamına gelmez. Yeni hakemli çalışma, bu genin 6.888 kodlayıcı varyantını hücrelerde sınayarak protein işlevinin geniş bir haritasını çıkardı. RAD51D, hasarlı DNA’nın benzer bir diziyi kullanarak onarılmasına yardım ediyor. Harita, anlamı belirsiz bir varyantla karşılaşıldığında onarım işlevine dair ayrı bir kanıt sunuyor.[1]

Araştırmacılar, hücrelerin olaparib adlı ilaca yanıtını ölçen geniş taramayı bilinen sınıflandırmalarla karşılaştırdı. Kontrol kümesindeki hastalıkla ilişkili 37 varyant işlev kaybı, iyi huylu 174 varyant olağan işlev sınıfına düştü. Bu temiz ayrım etkileyici; sınırını ise aynı küme belirliyor. Sonuç, bu 211 kontrol için deneyin sınıflandırmalarla uyumunu gösteriyor. Tek bir kişinin kanser riskini veya tedavi yanıtını ölçmüyor.[1]

70 klinik varyant ayrıca DNA onarımı ve protein etkileşimi deneylerinde incelendi. Geniş taramanın puanlarıyla ayrı onarım deneyinin sonuçları arasında 0,75 korelasyon bulundu. Bu ikinci yol, haritayı yalnızca aynı deneyin içinde doğrulamaktan daha güçlü bir sınama sağlıyor. Yine de hücre ve saflaştırılmış protein deneyleri, hastalardaki uzun dönem sonuçların yerine geçmiyor. Benim için çalışma, laboratuvar ölçümü ile klinik karar arasındaki köprünün ilk ayağını güçlendiriyor; köprünün tamamını kurmuyor.[1]

Bir sonucun kişiye ulaşması

Bu ayrım, anlamı belirsiz bir genetik sonuç alan kişi için önem taşıyor. ClinVar’da belirsiz veya çelişkili sınıflandırılmış değişimler arasından, ek sınırlamalar ayrıldıktan sonra 672 varyant değerlendirildi; bunların yüzde 87’si olağan işlev gösterdi. Bu oran, tüm kalıtsal kanser varyantlarına uygulanamaz. Yalnızca çalışmanın seçtiği RAD51D değişimlerini ve kullandığı işlev ölçümünü anlatıyor. Olağan işlev puanı, kişinin ailesel öyküsünü, diğer genleri veya tüm hastalık mekanizmalarını silmez.[1]

Tarama genin kodlayıcı dizisini kullanıyor; RNA’nın kesilip birleştirilmesini etkileyen her değişimi yakalamıyor. Bu nedenle işlev puanı, varyant yorumuna eklenen bir parça olarak değerli. Alternatif açıklama da açık: bazı değişimler bu hücre düzeninde olağan görünürken başka biyolojik yollardan etkili olabilir. Klinik yorum, laboratuvar bulgusunu başka genetik ve ailevi kanıtlarla birlikte okumayı gerektiriyor. Çalışmanın sunduğu kazanım, belirsizliği tek hamlede yok etmekten çok, hangi belirsizliğin ölçüldüğünü görünür kılması.[1]