Seçilim işledi, okuma daralmadı

Drosophila simulans'ın 10 temel popülasyonu 93 izogenik soydan turnuva usulü çaprazlamayla kuruldu; her biri yaklaşık 1.000 sinek büyüklüğünde tutuldu ve her kuşakta yaklaşık 500 sinek 3 mikrolitre oktanoik aside karşı seçildi. Ortalama sağkalım 0. kuşaktaki yaklaşık yüzde 43'ten 25. kuşakta yaklaşık yüzde 78'e tırmandı, 15. kuşak dolayında düzleşti; dozun 9 mikrolitreye çıkarılması tepkiyi yeniden başlattı ve sağkalım 50. kuşakta yaklaşık yüzde 70'e, o dozda evrimleşmemiş popülasyonların kabaca beş katına ulaştı. Evrimleşmiş üç popülasyonda bırakılan yumurta sayısı, gelişim canlılığı ve ömür uzunluğu anlamlı biçimde düşmedi; yani kazanım, bakılan özelliklerde ölçülmüş bir bedel olmadan geldi.[1]

Genomlar daha karışık bir tablo çizdi. Alel sıklığı değişimi aynı 5.127.840 varyant üzerinde iki kez değerlendirildi: bir kez Cochran-Mantel-Haenszel sınamasıyla, bir kez de genetik sürüklenmeyi açıkça modelleyen Bayesçi yöntem Bait-ER ile. 25. kuşakta ikisi 439 ve 401 aday gen verdi; 50. kuşakta 1.238 ve 174. İki zaman noktası arasında anlamlı genlerin yüzde 30'undan azı ortak ve araştırmacılar bu bloklarda gerçek hedeflerin yanında otostopçu komşuların da bulunduğunu açıkça söylüyor. Binlerle ölçülen bir payda, çok genli bir özelliğin çözümleyiciyi genellikle bıraktığı yer.[1]

İkinci tarama hem süzgeç hem kör nokta

Ondan bağımsız ikinci tarama, Drosophila melanogaster S2R+ kültür hücrelerinde yürütülen genom çapında havuzlanmış bir CRISPR/Cas9 deneyiydi: gen başına 6 ila 8 kılavuz RNA, iki yinelemeli kültür, iki asit derişimi ve dizilemeden önce 26 gün. En üst yüzde 5'inde 87 duyarlılık ve 22 direnç geni yer aldı; duyarlılık tarafında tek başına öne çıkan bir isabet yoktu, buna karşılık hücre zarı taşınımı genleri zenginleşmişti. İki liste seçilim bloklarının üzerine konduğunda geriye geniş işlevli dört duyarlılık geni ile doğrudan rol oynaması olası iki direnç geni kalıyor: kraken ve memelilerdeki Alkbh7'nin sinekteki karşılığı CG14130. kraken hem taramanın en üst direnç isabetiydi hem de her iki kuşakta en belirgin seçilim tepelerinden birinde duruyor.[1]

Bu süzgecin ilan edilmiş bir bedeli var. Genel hücre sağkalımı için zorunlu genler ile S2R+ hücrelerinde saptanabilir düzeyde ifade edilmeyen genler sıralama öncesinde çıkarıldı; araştırmacılar bunu hücre temelli taramanın kaçınılmaz sınırlılığı olarak kendileri adlandırıyor. Kültür hücresinin hiç ifade etmediği bir tam organizma direnç geni kesişime zaten ulaşamaz; dolayısıyla iki genlik kısa listede bulunmamak, listede yer almaktan daha az şey anlatır. Bu okumanın en açık sınavı, daha önceki haritalama çalışmasının öne sürdüğü ve bu çözümlemede ortaya çıkmayan pencere: 3R kromozom kolunda, aralarında birkaç Osiris geninin de bulunduğu 18 geni barındıran 170 kilobazlık bölge. Karşı okuma da elimizde: önceki haritalama sinyali geniş ve gürültülü bir aralık olabilir ve bu tasarım onu elemekte haklı olabilir.[1]

Bir tekrarın bakması gereken yer

Kesişim adayları seçiyor, onları kanıtlamıyor ve çalışma da kanıt yükünü oraya bindirmiyor. O yükü ayrı genetik denemeler taşıyor: Drosophila melanogaster'da kraken mutantları oktanoik aside daha duyarlı, Alkbh7'nin aşırı ifadesi ise direnci artırıyor; toksine dayanıklı noni uzmanı Drosophila sechellia'da bu genlerden herhangi birinin mutasyona uğratılması toleransı düşürüyor. Üç tür, iki yönde müdahale ve uzmanlaşmış türün kendisinde bir işlev kaybı sonucu, üst üste düşen tepelerin her türlü sayısından daha değerli. eLife değerlendirmesi de öbür uçtan aynı yere varıyor: bulguları önemli, kanıtı sağlam buluyor.[1]

Bir sınırlılık, tekrarın ne yapması gerektiğini belirliyor. Çalışmadaki 93 izogenik soy Kaliforniya'daki tek bir yabani popülasyondan geldi ve araştırmacılar temel popülasyonların bu yüzden türün başka yerlerindeki çeşitleri kaçırabileceğini söylüyor. Bağımsız bir deneysel evrim ve yeniden dizileme çalışması o yörenin dışındaki yabani sineklerle kurulup aynı kademeli doz düzenine sokulursa, 2027 sonuna dek yayımlanacak ve kraken bölgesinin seçilim altında yeniden yükseldiğini gösteren bir sonuç sinyalin türe ait olduğu anlamına gelir; yalnızca Alkbh7'nin döndüğü ya da hiçbirinin dönmediği bir çalışma ise sinyali tek bir Kaliforniya örneğinin mevcut çeşitliliğinin taşıdığını gösterir. Her iki durumda da bulgu ya yeniden vurur ya vurmaz; güçlü bir aday ile bir mekanizma arasındaki fark da budur.[1]