Embriyoda ölçülen neydi?

Kaplumbağalarda cinsiyetin nasıl belirlendiği tür tür değişiyor. Chrysemys picta'da yuvanın sıcaklığı belirliyor; Apalone spinifera'da kromozomlar belirliyor. Bu iki türü yan yana koymak, aradaki geçişte neyin değiştiğini sormanın doğrudan yolu. Ekip her iki türün ürogonadal gelişimini eşleştirilmiş beş gelişim evresi boyunca örnekledi ve yumurtaları Chrysemys'te yüzde 100 erkek veren 26 santigrat derece ile yüzde 100 dişi veren 31 santigrat derecede kuluçkaya bıraktı.[1]

Ölçeğin ne olduğunu bilmek gerekiyor. Her koşul için iki biyolojik yineleme üretildi ve her RNA kitaplığı 11 ile 15 embriyodan havuzlanmış RNA içeriyordu; kitaplık başına en az 40 milyon temiz, 150 baz çift uzunluğunda çift uçlu okuma elde edildi. Okuma derinliği yüksek, biyolojik yineleme sayısı ise düşük. Bu düzenek, havuzlanmış dokularda ortalama anlatım örüntüsünü verir; tek bir embriyoda neler olduğunu göstermez.[1]

Sil adayı nasıl belirdi?

Ağların kendisi ölçülmüyor, çıkarılıyor. Ekip gen anlatımını, transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerini ve protein-protein etkileşim verilerini PANDA adlı bir mesaj iletme yöntemiyle birleştirdi ve dört almaşık varsayımı sınadı: merkezler ve hedefleri korunuyor mu, aynı merkez yeni hedefler mi kazandı, yeni bir merkez eski hedefleri mi devraldı, yoksa ikisi de mi değişti? PANDA'nın ürettiği şey, üç veri kümesinden kurulan bir uzlaşma haritası.[1]

Sillere giden yol da dolaylı. Sonuçlarda fazla temsil edilen sıcaklığa duyarlı bilinen bileşenler, yani kalsiyum-redoks, pSTAT3, Wnt/Rspo1/beta-katenin ve Dhh, birincil sillerle bağlantılı; ayrıca iki tür arasında evrilen transkripsiyon faktörleri de silleri düzenliyor ve farklı yönlerden: Chrysemys'te kalsiyum ile iyon kanalları ve zar taşıma bileşenleri, Apalone'da yapısal ögeler ve sil oluşumu. Bunun bir açıklaması, sillerin gerçekten sıcaklık işaretini toplayan yapı olması. Bir başka açıklama daha var: birincil siller pek çok gelişim yolağıyla bağlantılı olarak açıklanmış yapılar, bu yüzden fazla temsil, kullanılan açıklama veri tabanlarının genel bağlantı yoğunluğunu da yansıtabilir.[1]

Adlandırmanın kendisi bir sonuç

Yazarlar bu belirsizliği saklamıyor. Bulguya Birincil Sil Bütünleştirme varsayımı adını veriyor ve işlevsel doğrulama gerektirdiğini açıkça yazıyorlar. Ağların genel düzeydeki benzerliğinin veri kümesinin küçüklüğünden ve beş gelişim evresinin bir arada havuzlanmasından kaynaklanmasının olası olduğunu da kendileri belirtiyor; bu yüzden ellerinde kalanı ihtiyatlı, yani ancak en güçlü işaretlerin görünebildiği bir sonuç sayıyorlar.[1]

Bir varsayıma ad vermek biyolojide küçük bir iş sayılmaz. Sıcaklığa bağlı cinsiyet belirlemesi onlarca yıldır bilinen bir olgu, fakat embriyonun sıcaklığı hangi hücresel yapıyla algıladığı sorusu açık kaldı. Bu çalışmanın verdiği şey adı konmuş bir hedef: bundan sonra sillerin işlevi doğrudan bozulabilir ve cinsiyet oranının değişip değişmediğine bakılabilir. Mekanizmanın kendisi hâlâ gösterilmiş sayılmıyor ve bir kaplumbağa embriyosunun içinde neyin termometre görevi gördüğü bilinmiyor.[1]